Riadiaci orgán je zodpovedný za riadenie operačného programu. Na základe Uznesenia vlády SR č. 832/2006 je ako Riadiaci orgán pre Operačný program Konkurencieschopnosť a hospodársky rast určené Ministerstvo hospodárstva SR. Koordináciou v rámci Riadiaceho orgánu je poverený útvar MH SR – Sekcia podporných programov.